Le Duc Léto Atréïdes vient d’être nommé par l’Empereur administrateur de la planète Dune, en remplacement du vil Baron Harkonnen, qui a terrorisé l’ensemble de la planète pendant déjà trop longtemps.

Dune est un désert, mais c’est aussi la seule planète dont les Ver géants produisent l’Epice, la substance permettant de voir l’avenir, nécessaire tant aux pouvoirs mystique des Révérendes du Bene Gesserit qu’aux navigateurs stellaires de la Guilde, et dont la consommation prolonge aussi la vie.

Léto sait tout de suite que cette nomination est en fait une condamnation, les Harkonnens ne pouvant tolérer cette perte de revenus et de pouvoirs. Mais il fait face, et part sur Dune, avec sa femme Jessica, soeur du Bene Gesserit, et son fils Paul. Très rapidement, effectivement, les Harkonnene attaquent, tuent Léto, et reprennent le contrôle de Dune.

Paul et sa mère fuient dans le désert. Ils sont sauvés et hébergés par les Fremen, nomades vivant uniquement dans le désert de Dune, et qui attendent la réalisation d’une prophétie lointaine disant qu’un enfant venu d’ailleurs avec sa mère transformera la vie des Fremen.

Paul consomme de l’épice, et se découvre un pouvoir de visions du passé et du futur plus importants que tous ses ancètres. Ses visions lui permettent de devenir le guide des Fremen.
Jessica, révérende mère, consomme aussi de l’épice, alors qu’elle est enceinte. L’impact sur l’enfant qu’elle porte est inconnu, car jamais un embryon n’a connu la transe de l’épice.

A l’occasion de la venur de l’Empereur sur Dune, Paul lance une attaque des Fremen sur la ville principale de Dune. Le Baron Harkonnen est tué et l’Empereur est fait prisonnier. Paul épouse la fille de l’Empereur, destitue celui-ci, et devient alors l’Empereur en titre. Les Fremen, conformément à la prophétie, régnent sur tout l’univers humain.